Składki zdrowotne bezpośrednio obniżają wysokość podatku, który podlega wpłacie do urzędu skarbowego, bądź zwiększają kwotę zwrotu podatku. Obniżają one podatek wynikający z dochodów opodatkowanych na zasadach ogólnych, podatkiem liniowym, zryczałtowanym podatkiem oraz kartą podatkową.